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システム構築の際に導入可能なソフトウェアや、コンパイラやライブラリ、主要なアプリケーションソフトをリストします。弊社での導入実績を踏まえ、主要なソフトウェアをまとめたものです。下記のリストにないソフトウェアについても対応可能です。

CONFIGURE THE SYSTEMシステムを構成するソフトウェア

ジョブスケジューラ

Altair PBS Professional NASAが開発したPBS(Portable Batch System)から派生した、Altair社が販売する有償のジョブスケジューラ。SX-Aurora TSUBASAやGPUなどアクセラレータのリソース管理にも対応している。
OpenPBS PBS Professionalのオープンソース版のジョブスケジューラ。商用バージョンのPBS Professionalでサポートされているいくつかの機能が制限されている。
TORQUE NASAのPBSから派生し、かつてはオープンソースで配布されていたが現在はAdaptiveComputing社が有償で販売するジョブスケジューラ。
Altair Grid Engine Sun MicrosystemsがOSSとして開発していたがUNIVA社に買収され、更にAltair社に買収された有償のジョブスケジューラ。SX-Aurora TSUBASAやGPUなどアクセラレータのリソース管理に対応している。
slurm workload manager NVIDIA GPUの各種リソース管理に対応している、オープンソースのジョブスケジューラ。
IBM Spectrum LSF IBM社が販売する有償のジョブスケジューラ。NVIDIA GPUのリソース管理にも対応している。
HT-Conder Windows/MacOS/Linuxで動作するオープンソースのジョブスケジューラ。一つのジョブを異なるデータで多数実行する場合に便利。
Share Task WebUIからのジョブ実行・ノード監視・リモート管理を行える有償のHPC環境統合運用ミドルウェア。
NEC Network Queuing System V (NQSV) NEC SX-Aurora TSUBASAへの対応はもとより、GPUを搭載したノードやdockerコンテナ利用も想定したヘテロクラスタ構成に対応するNEC社製のジョブスケジューラ。

オープンソースのサーバ監視ツール

サーバ監視ツール(FREE)

ZABBIX ZABBIX LLC社が有償サポートを提供する、多機能なサーバ監視ツール。
Xymon 以前はHobbitと呼ばれていた軽量なサーバ監視ツール。
Nagios Nagios Enterprise社が有償サポートを提供する、C言語で記述された軽量な監視ツール。
Munin システムの統計情報を記録し、グラフを表示して発生した異常を発見する監視ツール。
Cacti LAMPスタック上で動作する、SNMPで監視を行う軽量な監視ツール。
Hinemos 日本のNTTデータで開発された、ジョブネットの監視などもサポートする大規模業務システム向け監視ツール。

ログの管理・監視ツール(FREE)

rsyslog・syslog-ng 多くのLinuxディストリビューションで利用されているsyslogサーバのソフトウェア。
swatch ログファイルを監視して様々なアクションを実行するリアルタイムログ監視ツール。
SNMPトラップ SNMP(Simple Network Management Protocol)を使用して、ネットワーク機器なども含めて自身の各種ステータスや異常をマネージャに通知し、ネットワークやシステムの監視を行うことができる。
SyLAS 株式会社デージーネットが提供する、Webブラウザからログファイルを閲覧するオープンソースのツール。

コンパイラ(C/C++, Fortran)

Intel oneAPI HPC toolkit(C/C++, Fortran) 最新版を無償で利用できる、Intel Core/Xeonプロセッサ用に最適化された実行形式を生成するIntel提供のコンパイラ。
NVIDIA HPC SDK (C/C++, Fortran, CUDA) Intel/AMD/ARMプロセッサとNVIDIAのGPUに最適化された実行形式を生成する、NVIDIA提供の無償利用できるコンパイラ(旧PGIコンパイラ)。
GNU Compiler Collection Linuxで標準的に使用される数多くのCPU・OS・言語に対応したフリーソフトウェアのコンパイラ。
AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers (AOCC) Ryzen/EPYCプロセッサに最適化した実行形式を生成する、AMD提供の無償で利用できるコンパイラ。
ARMコンパイラ ARMプロセッサに最適化された実行形式を生成する、ARM社が販売する有償のコンパイラ
NEC Software Development Kit for Vector Engine(SDK) NEC SX-Aurora TSUBASAで動作する実行形式を生成する、NECが販売する有償のコンパイラ。
FUJITSU Software Compiler Package Fujitsu A64FXプロセッサのベクトル演算拡張命令(SVE)に最適化された実行形式を生成する、富士通が販売する有償のコンパイラ。

ライブラリ

MPIライブラリ

OpenMPI いくつかのMPI実装を統合したオープンソースの高性能・多機能なMPIライブラリ。
MPICH 以前はMPICH2と呼ばれていたオープンソースのポータブルなMPIライブラリ。
IntelMPI Intel社が提供する、MPICHから派生した無償利用可能なMPIライブラリ。
MVAPICH オハイオ州立大学により開発されている、MVAPICH2としても知られるMPICHから派生したMPIライブラリ。
IBM Spectrum MPI IBM社が提供する、OpenMPIから派生した有償のMPIライブラリ。

並列化ライブラリ/API

OpenMP 各種コンパイラでサポートされている、マルチスレッド並列計算API 。
OpenACC クレイ、CAPS、NVIDIA、そしてPGIによって開発された並列コンピューティングのための標準の一つ。CPU/GPUのヘテロジニアスなシステムで簡単に並列計算を実現する。CUDAやOpenCLをさらに抽象化したAPI。
OpenCL CPU,GPU,Cellプロセッサ,DSP等のヘテロジニアスなシステムで並列計算・ハードウェアアクセラレーションによる高速化を行うためのクロスプラットフォームなAPI 。

数値演算ライブラリ

BLAS / LAPACK 基礎線形代数サブプログラム(BLAS)とBLAS上に実装された線形代数パッケージ(LAPACK)。
OpenBLAS 基礎線形代数サブプログラム(BLAS)をx86プロセッサに最適化したBLAS実装ライブラリ。GotoBLASの後継。
Intel oneAPI Math Kernel Library(oneMKL) 最新版を無償で利用できる、Intel CPUのベクトル演算命令に最適化されたBLASやLAPACK, FFTWなどと互換性がある数値演算ライブラリ集。
AMD Optimized CPU Libraries(AOCL) 無償で利用できる、AMD CPUに最適化されたBLAS/LAPACK/ScaLAPACK, FFTWなどと互換性がある数値演算ライブラリ。
IMSL Rogue Wave社(現Perforce社)が販売する、各種プログラミング言語で利用できる計算ライブラリ。

AI/DL・その他ライブラリ

NVIDIA CUDA Deep Neural Network (cuDNN) NVIDIA社が無償で提供する、NVIDIA GPUに対応した深層学習(DNN: Deep Neural Network)ライブラリ。
NVIDIA TensorRT NVIDIA社が無償で提供する、NVIDIA Tensorコアを使用して数値演算を行うライブラリ。
NVIDIA Collective Communications Library (NCCL) NVIDIA社が無償で提供する、単一のノードまたは複数のノードの複数のNVIDIA製GPUのためのコミュニケーションルーチンのライブラリ。
Intel oneAPI DNN Toolkit(oneDNN) 最新版を無償使用可能な、Intel社が提供するIntel Core/XeonプロセッサのAI命令に対応した深層学習ライブラリ。
OpenCV 広く使われているオープンソースのコンピュータ画像認識ライブラリ。

統計解析向けのプログラミング言語と開発実行環境

統計・数値解析ソフト

Mathematica Wolfram社が販売する、対話型のインタフェースを持つ数式処理システム
MATLAB MathWorks社が販売する、他言語とのインタフェースとGUIを持つ多用途な数値解析言語ソフト。
Maple 数式処理、数値計算、グラフ作成などを行う有償のソフトウェアト。
Octave MATLABと互換性があるフリーソフトウェアの数値解析ソフト。
R 統計処理・機械学習などで使用されるオープンソースのインタプリタ型プログラミング言語。

Python環境ソフト

Anaconda パッケージ管理ツールCondaを使用した、データサイエンス/機械学習アプリケーション/大規模データ処理/予測分析など化学技術計算のためのPythonおよびR言語のオープンソースディストリビューション。大規模な商用利用は有償。
MinicondaConda-forge パッケージ管理ツールCondaを使用した、Pythonと必要最低限のパッケージをまとめたフリーなオープンソースディストリビューション。 Anacondaリポジトリに相当するConda-forgeとの組み合わせで、完全に無償な環境を構築可能。
JupyterLab/Hub(NoteBook) Jupyter Notebookの単体利用に代わり、マルチユーザに対応したWebブラウザ上で動作する対話型実行環境。
PyCharm JetBrains社が販売するPythonの統合開発環境(無償版あり)。

HPC APPLICATIONHPCアプリケーション・科学技術シミュレーション・可視化ソフトウェア

マルチフィジックス解析ソフト

ANSYS ANSYS社の有限要素法CAEを中心とする解析ソフトウェア群
COMSOL Multiphysics COMSOL AB社のマルチフィジックス解析用途汎用物理シミュレーションソフトウェア

量子化学および固体物性解析・第一原理計算ソフト

個体物理

VASP ウィーン大学の固体電子状態計算・バンド計算プログラム。PAW型擬ポテンシャル法と平面波基底を用いた第一原理計算パッケージ。
Quantum ESPRESSO 平面波基底+擬ポテンシャル法(ノルム保存およびウルトラソフト)を用いた密度汎関数理論(DFT)に基づいて電子状態を計算する第一原理計算プログラム。
PHASE 密度汎関数理論に基づく擬ポテンシャル法による平面波基底の第一原理電子状態計算プログラム。全エネルギー、電荷密度分布、電子の状態密度、バンド構造、安定な原子構造などの計算が可能。

量子科学

Gaussian Gaussian社の計算化学用のプログラム。名前は計算速度を上げるためにスレーター軌道の代わりに導入したガウス軌道に由来する。
NWChem パシフィックノースウェスト国立研究所の平面波基底を用いる量子化学および分子動力学機能を含む計算化学プログラム。
GAMESS UK/US 原子、分子の非経験的分子軌道法・密度汎関数理論計算プログラム。

分子動力学

LAMMPS サンディア国立研究所の分子動力学プログラムで、並列計算にMessage Passing Interface (MPI) を利用している。ワールドワイドに使われている分子動力学プログラム。プログラム自身の拡張性の高さと入力スクリプトによる柔軟な制御が特徴。
GROMACS フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ。計算アルゴリズムの工夫と各種プロセッサに特化したチューニングの両方により高度に高速化されており、CPUを使用した計算において標準的な分子動力学シミュレーションパッケージよりも3〜10倍程度高速に動作する。
Amber 生体分子の分子動力学計算のための力場(AMBER力場郡)をシミュレーションする分子動力学ソフトウェアパッケージ。
WIEN2k ウィーン工科大学で開発された、密度汎関数法(DFT)による周期的な固体電子構造を計算する第一原理計算プログラム。
OpenMX 原子局在基底と擬ポテンシャルを用いて、結晶・界面・溶液などの広範な物理系に対して電子状態計算う、オープンソースの第一原理計算プログラム。

構造・流体・熱解析ソフト

構造解析・CAE

LS-DYNA Livermore Software Technology Corporation(LSTC社)より提供されるCAEソフトウェア。陽解法による高速な非線形動解析の実現が特徴。
Abaqus アメリカRhode IslandのHKS社により開発された有限要素解析を行うプロプライエタリソフトウェア。現在はフランス ダッソー・システムズがSIMULIAブランドで開発・販売している有限要素解析ソリューション。
MSC Nastran / Marc エムエスシーソフトウェア社の有限要素法による構造解析・非線形解析ソフトウェア。Marcは静的、動的、マルチフィジックス荷重シナリオにおける製品の応答をシミュレートするための汎用非線形有限要素解析ソリューション。Nastran は車両・船舶・エンジン・精密機械の開発、建築構造解析、航空宇宙分野などで広く利用されている汎用構造解析有限要素法プログラム。 Partan は、MSC Nastran、MSC Marcのプリ・ポスト処理を受け持ち、有限要素モデリング機能、解析結果の可視化機能を有します。
Altair HyperWorks AcuSolve Altairの熱流体解析(CFD)ソルバー。
Altair HyperWorks OptiStruct Altairの構造解析ソルバー。
Altair HyperWorks RADIOSS Altairの非線形・衝撃解析・マルチフィジックスソルバー。
ANSYS Mechanical ANSYS社の有限要素法によるによる汎用構造/伝熱解析ソフトウェア。
FrontISTR 大規模並列FEM非線形構造解析プログラム(プリ・ポストREVOCAP_PrePostを含む)。

流体・熱解析

STAR-CD/STAR-CCM+ シーメンス社のCAD統合型熱流体解析ツール/汎用熱流体解析プログラム。
OpenFOAM 数値流体力学(CFD)プログラムにとどまらず物理場全般を対象とする多くの物理モデルがライブラリ化され、オリジナルソルバーを開発するベースともなる、完全オープンソースの物理場の演算プログラム群。OpenFOAM財団とESI (OpenCFD社)がそれぞれ別々のバージョンをリリースしており、現在、財団版とESI版の2種類のバージョンが存在します。
  財団版:https://openfoam.org/
  ESI版:https://www.openfoam.com/
scFLOW/STREAM ソフトウェアクレイドル社の国産の汎用熱流体シミュレーションソフトウェア。
ANSYS Fluent ANSYS社の流体シミュレーションソフトウェア。高度な物理モデリング機能とトップクラスの精度で知られる。
ANSYS CFX ANSYS社のターボ機械アプリケーション向けのCFDソフトウェア。
PHOENICS CHAM社の汎用三次元数値流体力学解析プログラム。格子生成作業はほとんど不要のためモデリングも非常に容易に行える。
RIAM-COMPACT 複雑地形によって生じる風の流れをシミュレートし、風力発電の適地選定に適した非定常・非線形風況シミュレータ。風力発電の適地選定にも利用される。
FrontFlow(Red/Blue) 文部科学省のプロジェクトRSS21の成果として生まれた流体解析プログラム。Redは燃焼を伴う非定常な乱流の予測。Blueは非圧縮性流体の非定常な流れのを予測する。

電磁解析ソフト

JMAG 日本総合研究所(現JSOL)社の電気機器設計開発のための国産電磁界解析ソフト
ANSYS HFSS ANSYS社の高周波3次元フルウェーブ電磁場解析ソフト
Altair HyperWorks FEKO Altairの高周波電磁解析統合ソフト

プリ/ポス、可視化 ソフト

AVS/Express AVS社の汎用可視化ソフト
altair HyperMesh Altairのモデリング&ビジュアライゼーションソフト
EnSight 数値シミュレーション結果を汎用ポストプロセッサ
ANSA BETA社の構造系、流体系等の様々な解析モデルを作成するメッシュ生成ソフトウェア
META Post BETA社の汎用ポストプロセッサソフト
Materials Studio Visualizer ダッソー・システムズ社の分子・量子系解析結果の可視化ソフトウェア
Abaqus/CAE ダッソー・システムズ社のモデルの作成と編集、ジョブのモニタと診断、結果表示を行うソフト
Ensight CEI社の数値シミュレーション結果を可視化する汎用ポストプロセッサ。構造解析結果の可視化ソフト
GaussView GaussのGUI。分子・量子系解析結果の可視化ソフト。
Paraview ParaView社のデータセットのリモート可視化を可能にするクライアントサーバアーキテクチャによる汎用可視化ツール(FREE)

最適化ソフト

Altair HyperWorks OptiStruct Altairの構造最適化ソルバー
Altair HyperWorks HyperStudy Altairの複合領域設計スタディ・最適化ソフトウェア

気象シミュレーション

WRF/WPS 気象予報モデルWRFを用いたシミュレーションツールと前処理プログラム。
大気研究と運用予測アプリケーションの両方のために設計された次世代のメソスケール数値天気予報システムです。これは、2つの動的コア、データ同化システム、および並列計算とシステム拡張性をサポートするソフトウェアアーキテクチャを備えています。このモデルは、数十メートルから数千キロメートルまでのスケールにわたる幅広い気象アプリケーションに対応します。
気象予報モデルWRF

その他の分野

ゲノム解析・次世代シーケンサデータ解析ソフト

BIOCONDA バイオインフォマティクス関連のソフトウェアのインストールから、バージョン管理までを行うことができるパッケージマネージャ(FREE)
CLC GenomicsWorkbench CLC bio/QIAGEN社の次世代シークエンサーデータ解析を中心に、サンガーシークエンサにも対応した統合配列解析ソフトウェア
SMART Link PacBIO社の1分子シーケンサデータの解析ソフト

火災解析ソフト

FDS・Smokeview 米国標準局(NIST)が開発した火災解析エンジンと付属の専用可視化ソフト(FREE)